Em Peruíbe há nove ilhas e uma laje marinha espalhadas na faixa costeira. Destas, sobressai-se a Ilha da Queimada Grande ou “Ilha das Cobras”, é um excelente atrativo para mergulho submarino, pois há dois navios afundados na área.

Ilha de Peruíbe: Localizada na latitude 24021’08" Sul e longitude 47058’09" Oeste, numa área de 20.250 metros quadrados, distante da costa cerca de 800 metros. Não tem praia, nem condições para atracagem, sendo bastante freqüentada para a pesca amadora de arremesso e mergulho. O tipo de fundo é de areia, não oferecendo abrigo dos ventos, tampouco água potável. Sua altitude é de 58 metros com vegetação arbustiva densa de Mata Atlântica, possuindo campo graminoso e costa rochosa.

Ilha do Guaraú: Localizada na latitude 24023’ Sul e longitude 46059’ Oeste, numa área aproximada de 184.655 metros quadrados, distante da costa 700 metros, sendo sua altitude máxima de 65 metros. A condição de atracabilidade é boa para embarcações pequenas / fundeio, não possuindo praias nem água potável, apresentando ainda ondas médias ao largo. É bastante procurada para a prática de pesca amadora de arremesso e mergulho. Abriga um farol para auxílio à navegação, sendo local de referência para a ancoragem de embarcações pesqueiras. Na ilha, encontra-se vegetação de restinga com a composição florística descrita acima, porém possui ainda árvores que chegam de 10 a 15 metros de altura, sendo Symphonia globulifera e Calaphyllum brasiliense (guanadi) as espécies mais comuns. A camada de detritos no solo é espessa e, em épocas de chuva, alguns centímetros de água podem cobrir o chão. Certas palmeiras são características, como o palmito e a uva-do-mato. O chão é forrado por bromélias, e associadas às árvores há uma infinidade de epífitas.

Ilha Queimada Pequena: Localizada na latitude 24022’ Sul e longitude 46000’ Oeste, numa área aproximada de 40.000 metros quadrados, distante da costa cerca de 17 Km. Não possui praia, nem água potável não oferecendo abrigo aos ventos e vagas. O local é procurado para prática de pesca amadora de arremesso e mergulho. A vegetação é arbustiva e densa, costa rochosa e altitude máxima e 60 metros de altura. A ilha integra a Estação Ecológica dos Tupiniquins, desde julho de 1986 (Decreto Federal 92.964/86), é também Área de Relevante Interesse Ecológico (Decreto Federal 91.887/85).

Ilha Queimada Grande: Latitude:24°29' S Longitude:46°40' W, numa área aproximada de 230.000 metros quadrados, distante da costa cerca de 8 Km. As condições de atracabilidade são favoráveis para ancoragem. Não possui praia, nem tampouco água potável, sendo que a vegetação é arbustiva e densa. É comum a pratica de pesca amadora de arremesso e mergulho. Conta ainda com variadas espécies de peixes como garoupas, budiões e caranhas. Ao sul, no Parcel de Fora, com profundidades variando entre 3 e 30 m, circulam os peixes maiores, muito cobiçados pelos caçadores. Há, ainda, no local, um farol para auxílio à navegação, sendo a altitude máxima de 1,90 metros. Esta ilha também é conhecida como Ilha das Cobras e o desembarque não é aconselhado devido ao elevado número de cobras Jararaca Ilhoa -. É considerada, no meio científico, como o maior serpentário natural do mundo. Em 05/11/85 foi tombada como Área de Relevante Interesse Ecológico - ARIE (Decreto Federal 91.887). As águas do entorno da ilha são bastante claras e possibilitam uma visibilidade de 30 a 40 metros.
Na face oeste existem dois navios naufragados. Próximo ao Saco das Bananas estão os destroços Rio Negro, sendo encontrado a profundidades que variam de 8 a 20 m. Em 17 de julho de 1893, naufraga na Ilha Queimada Grande o navio mercante a vapor chamado Rio Negro pertencente ao Lloyd Brasileiro. O navio, construído em 1872, era um vapor de pequeno porte, cerca de 450 toneladas, naufragou por ter se chocado com a ilha, devido ao mau tempo, ficando a uma profundidade de 12 a 18 metros. Em 30 de agosto de 1933, naufraga na Ilha Queimada Grande o navio mercante inglês pertencente ao Lloyd Brasileiro, de nome Tocantins, construído em 1901, com 116 metros de comprimento e 4.113 toneladas de deslocamento. Logo depois da meia noite de 30 de agosto de 1933, a estação de rádio da Agência do Lloyd Brasileiro em Santos, recebia o seguinte radiograma: Naveloyd - Santos - Tocantins bateu encalhada Queimada Grande uma hora cerração fechada porão um e dois fazendo água - Tocantins Assim soube-se do que estava acontecendo ao navio de carga, construído pela J.Blummer & Co. O Tocantins que procedia do Rio Grande, em sua rota habitual da linha norte até Manaus, havia deixado o porto de Paranguá, com destino a Santos, onde deixaria parte de sua carga de alimentos e madeira. Devido a uma espessa cerração que se abatera pela costa paulista, não pôde ver as luzes do farol automático instalado no alto da ilha, que, por sua posição a 90 metros de altura, deveria ser visto até a uma distância de aproximadamente 20 milhas. Assim que chegou a notícia e a Agência do Lloyd do Rio de Janeiro foi informada, foram enviados em seu auxílio o rebocador São Paulo, que partiu de Santos e o rebocador de alto-mar Comandante Dorat, que partiu da Guanabara, além do cargueiro Pará que mudou sua rota atendendo ao apelo de S.O.S. O encalhe deu-se com a proa na ponta Norte da ilha com condições de mar calmo e foram claras as expectativas iniciais de salvar a embarcação, pois seu comandante, o Capitão de Longo Curso A. Catramby, expediu mais quatro radiogramas. Demonstra este intento quando diz desnecessário auxílio Pará sendo indispensável auxílio rebocador Dorat e quando pede: dois mil tijolos, cinqüenta barricas de cimento, cem barricas de areia, três carpinteiros, três pedreiros, dez quilos de pregos três polegadas e duzentos quilos de carne fresca. Pouco tempo depois, as condições climáticas mudaram, caiu um forte temporal do quadrante sudoeste fazendo com que as condições do mar mudassem drasticamente e, com isso, o Tocantins moveu-se de onde estava e começou a afundar. Inicialmente eram três metros de água que invadiram os porões e com a mudança de posição tornou-se obrigatório o abandono dos postos na casa de máquinas e porões. Em seu radiograma o comandante Catramby afirmava julgo-o perdido aguardo auxílio Pará. Pelas 5 horas da manhã do dia 31, a estação de rádio da Ponta da Praia recebia a mensagem, vinda do vapor Pará, de que a estação Tocantins deixara de falar. A tripulação foi resgatada e levada ao Rio de Janeiro pelo rebocador Comandante Dorat sendo o casco abandonado. O naufrágio não deixou vítimas, apenas a perda da embarcação e carga, mas criou um dos pontos de mergulho mais freqüentados do litoral sul do Estado de São Paulo. Atualmente grande parte da estrutura do Tocantins já desapareceu, sua profundidade varia dos 6 ais 22 metros e pode ainda ser visto as caldeiras (que forneciam 350 n.h.p.), o eixo, muitas vigas, chaparias, tubulações e uma de suas âncoras. Estas estruturas já foram incorporadas ao fundo tornaram habitat de variada fauna tornando ainda mais interessante os mergulhos.
A partir dos 6 m já dá para ver a popa e a casa das máquinas, a proa está a 24 m.

Ilha do Boquete: Localizada na latitude 24024"5’ Sul e longitude 47000" Oeste, numa área aproximada de 10.000 metros, distante da costa apenas 500 metros. As condições de atracabilidade servem apenas para ancoragem, não possui praia, nem água potável, e as ondas são médias ao largo, sendo que todos os tipos de vento são predominantes. A vegetação é arbustiva de restinga com presença de Mata Atlântica, campo graminoso e, ainda, costa rochosa. Tem uma regular freqüência de pesca amadora de arremesso.

Ilha do Guararetama: Localiza-se de fronte à praia do Guaraú, com uma área de 1.000 metros quadrados, de só é possível a ancoragem. Trata-se de uma laje com pouca vegetação, ondas médias, onde se pratica a pesca amadora de arremesso e o mergulho. O tipo de fundo é areia, não tem água potável e não oferece abrigo dos ventos.

Ilha do Ameixal: Ilha fluvial "volta morta", localizada no rio do Una, com uma área de 400 hectares. O tipo de fundo é de lama, sendo coberta por densa vegetação de mangue. Situa-se no interior da Estação Ecológica Juréia Itatins e, ainda, na Área de Relevante Interesse Ecológico, estando nas proximidades do vilarejo da Barra do Una.

Lage do Parnapuã: Numa área de 10.000 metros quadrados, a 900 metros da costa, completamente rochosa e sem presença de vegetação.

Ilha do Bigode: Localiza-se no rio Guaraú, dentro dos limites da Estação Ecológica Juréia-Itatins, numa área aproximada de 100.000 metros, sendo de propriedade pública. Tipo de fundo é de lama. Possui dois tipos de vegetação: manguezal e restinga Em seu interior há um sítio arqueológico de "sambaqui".